Природно-математички факултет основан је одлуком Народне скупштине Републике Српске 12. септембра 1996. године. ПМФ је настао издвајањем групе природних наука са Филозофског факултета, а зачетак је био у Педагошкој академији, односно у Вишој педагошкој школи основаној у Бањалуци 1950. године на којима су постојале основне групе природних и друштвених наука.
ПМФ-у је додијељена зграда бивше учитељске школе у Улици Младена Стојановића бр. 2., уписано је 287 редовних и 389 ванредних студената, а настава је почела 7. октобра 1996. године.
Декани су били проф. др Здравко Маријанац и проф. др Рајко Гњато, а сада је декан проф. др Горан Трбић.