Prirodno-matematički fakultet osnovan je odlukom Narodne skupštine Republike Srpske 12. septembra 1996. godine. PMF je nastao izdvajanjem grupe prirodnih nauka sa Filozofskog fakulteta, a začetak je bio u Pedagoškoj akademiji, odnosno u Višoj pedagoškoj školi osnovanoj u Banjaluci 1950. godine na kojima su postojale osnovne grupe prirodnih i društvenih nauka.
PMF-u je dodijeljena zgrada bivše učiteljske škole u Ulici Mladena Stojanovića br. 2., upisano je 287 redovnih i 389 vanrednih studenata, a nastava je počela 7. oktobra 1996. godine.
Dekani su bili prof. dr Zdravko Marijanac i prof. dr Rajko Gnjato, a sada je dekan prof. dr Goran Trbić.